Geboren wurde dieser bekannte Pharao als Amenophis (Amenhotep) IV. Mit ihm begann eine revolutionäre Epoche, die Armana-Zeit, die einmalig in der Geschichte des Alten Ägypten ist. Echnatons uneingeschränkte Verehrung galt Aton, der Sonnenscheibe. So beschloss er, die gesamte Götterwelt auf den Kopf zu stellen und setzte Aton als alleinigen Gott ein. Zu Ehren dieses Gottes verließ er die damalige Hauptstadt Theben, die Amun geweiht war und baute die Stadt Achet-Aton, heute bekannt als Tell-Armana. Ausgrabungen ergaben jedoch, dass die Bevölkerung die alte Götterordnung vorzog und sich nur nach außen hin dieser Neuerung unterwarf. Heute hat Echnaton den Beinamen "Ketzerkönig", da er sich lieber der Religion und der Anbetung Atons widmete, als sich um die Bedürfnisse seines Landes und des Volkes zu kümmern.

Auch die Kunstauffassung änderte sich mit der Regentschaft Echnatons. Während die Pharaonen bisher stets als strahlende Schönheit dargestellt wurden, fällt der realistische Stil regelrecht aus dem Rahmen und gibt der Wissenschaft bis heute Rätsel auf. Es gibt Vermutungen, dass Echnaton an einer Krankheit litt und seine Skulpturen aus diesem Grund einen anderen Stil haben. Verwunderlich ist, dass die berühmte Büste der Nofretete, Echnatons Gemahlin, bei diesem Kunststil so elegant und feminin ist.

Aus der Ehe mit Nofretete gingen sechs Kinder, alles Mädchen, hervor. Echnaton heiratete mindestens zwei von ihnen. Ein Sohn ward ihm jedoch nur mit einer anderen Nebenfrau vergönnt. Dieser Sohn sollte später als Tutenchamun in die Geschichte eingehen. Echnaton starb um 1334 v. Chr., vermutlich in seinem 16. Amtsjahr. Sein großzügiges Grab ließ er in den Felsen bei Achet-Aton schlagen. Bei seiner Entdeckung war es leer, auch die Mumie fehlte. Es gibt einige Hinweise darauf, dass es sich bei einer im Tal der Könige gefundenen Leiche um Echnaton handelt, aber hier ist noch nicht das letzte Wort gesprochen.

Ungeklärt ist bis heute, in wie weit Echnatons Regentschaft von seiner Frau Nofretete beeinflusst wurde. Unbestritten ist, dass Nofretete ihren Mann in politischen Sachen unterstütze und dass sie eine große Macht besaß. Einige Wissenschaftler wie Reeves gehen sogar soweit, dass sie Nofretete als Mitregentin betrachten und ihr einen Pharaonenstatus einräumen. Abbildungen, in der Nofretete eine sonst dem Pharao vorbehaltene Kopfbedeckung trägt, sollen dies beweisen. Es gibt sogar die These, wonach Nofretete mit Semenchkare, dem späteren Mitregenten und Nachfolger Echnatons, gleichgesetzt wird. Ungewöhnlich ist auch, dass die beiden Ehepartner auf einigen Zeichnungen gleich groß dargestellt sind. Ob dies ein weiterer Beweis der Regentschaft Nofretetes ist bleibt unklar, denn Echnaton ließ sich im Gegensatz zu den anderen Pharaonen sehr gerne mit seiner Familie abbilden und ließ als Einziger Darstellungen anfertigen, die ein zärtliches, fast intimes Beisammensein mit seiner Frau zeigen. Der Tod Nofretetes ist bis heute ungeklärt, ihr Name taucht aus unbekannten Gründen plötzlich nicht mehr in der Geschichte auf.

Nach dem Tode Hatschepsuts konnte Thutmosis III. endlich sein rechtmäßiges Erbe antreten. Im Gegensatz zu seiner Vorgängerin unternahm er mehrere Feldzüge und sorgte für Ruhe bei einigen Regionalfürsten, die ihre Gefolgschaft aufgekündigt hatten. Eine kriegerische Auseinandersetzung findet sich in der Schlacht von Megiddo, wo er seine Feinde das fürchten lehrte. Nach sieben Monaten kapitulierte schließlich die Stadt. Thutmosis III. wird auch "ägyptischer Alexander" oder "Napoleon" genannt, da er eine imperiale Eroberungspolitik betrieb. Insgesamt unternahm er in 16 Jahren 14 weiter Feldzüge in syrisches Gebiet. Den Höhepunkt seiner Eroberung erlebt er mit der Einnahme von Kadesch. Listen in Karnak berichten von insgesamt 350 Städten, die unter seiner Herrschaft fielen. So schuf er ein mächtiges und starkes Reich, dass er seinem Sohn Amenophis II. vermachen konnte.

Thutmosis III. verstarb gegen 1450 v. Chr. und wurde im Tal der Könige beigesetzt. Auch sein Grab wurde schnell von Grabräubern geplündert. Sein Leichnam ist uns jedoch erhalten geblieben, da er er im Depot der Königsmumien von Deir el-Bahari entdeckt wurde und anhand von Resten der Mumienbinden als Thutmosis identifiziert werden konnte.